Mega Man X6

История начинается спустя три недели после игры Mega Man X5. Зеро отсутствует, так как он считается погибшим и поверхность Земли становится необитаемой из-за падения колонии Евразии. Иксу дано задание уничтожить Мавериков в зоне, где он сталкивается с существом напоминающего ему Зеро, который выглядит фиолетового цвета, а не красного как настоящий Зеро. Икс отвечает ученому Исоку и его подчиненному Высокого Максимума, который считает поиск Зеро Кошмарным Феноменом. Исок приглашает Реплоидов присоединиться к его делу, чтобы уничтожить вирус Кошмарного Феномена, который обернулся на сторону населения, заложенного в Мавериках.
Икс продвигается вперед, чтобы исследовать зоны для расследования явления Кошмарного Феномена и найти двойника Зеро. Во время приключений, Икс встретил восемь исследователей Исока, которые на самом деле были заражены Кошмарным Феноменом и стали Мавериками. Во время битвы, Икс может также столкнуться с двойником Зеро и победить его. После этого, настоящий Зеро появляется и говорит о том, что не знает, как ему удалось выжить после битвы против Сигмы. После поражения восьми исследователей или Высокого Максимума, Икс удовлетворяет находку исследователя Гейта. С помощью куска от поврежденной части тела Зеро, Гейт создал вирус Кошмарного Феномена, наряду с Кошмарным Феноменом от Зеро, в целях создать свою собственную утопию.
Охотники на Мавериков переходят к лаборатории Гейта, чтобы положить конец его планам. После поражения Гейта, он показывает, что восстановил Сигму, который был не полностью восстановлен. Тем не менее, Сигма почти убивает Гейта и вызывает своих старых врагов. Сигма снова победил.
Окончания зависят от выбора персонажа, которого побеждает Сигма. Если Икс побеждает Сигму, то он спасает Гейта и Алию, подругу Икса, которые могут восстановить его. Подобное окончание отображается при условии тем, что Икс не находит Зеро, который решает не возвращаться к битве. В случае, если Зеро побеждает Сигму, он просит быть запечатаным, чтобы удалить компонент из его тела.