Ninja Gaiden Sigma

История начинается с проникновения, в некую деревню, нашим главным героем, Рю Хаябуса, мастером ниндзюцу, наследником клана Дракона защищающим мир от зла. Проникнув в сердце деревни и сразившись с местным «старейшиной», оказывается, что все это было не более чем тренировкой. Однако после беседы со старейшиной, в комнату врывается девушка, Аяне, которая говорит, что на деревню Хаябуса напали неизвестные. Рю срывается с места обратно в деревню и обнаруживает ее в огне, защитники мертвы, а по всей деревне рассредоточились неизвестные. Сражая всех на своем пути, Рю добирается до храма, где обнаруживает местную жрицу, которая падает замертво и предводителя нападающих, который забрал из храма некий Клинок Темного Дракона (Dark Dragon Blade), артефакт невероятной силы, который клан Хаябуса защищал уже долгое время от сил зла. К сожалению, Рю проигрывает схватку с ним и через какое-то время оправившись от ран отправляется на поиски предводителя нападавших и Клинка Темного Дракона.